U mężczyzn - nieprawidłowa wydzielina z cewki moczowej, najczęściej skąpa lub średnio obfita, śluzowo-ropna lub śluzowa i niewielkie pieczenie w cewce. W przypadku nie leczenia może wystąpić zapalenie najądrza, które grozi niepłodnością.

U kobiet - upławy i czasami pieczenie przy oddawaniu moczu, pobolewania w podbrzuszu, przedłużenie miesiączki i krwawienie międzymiesiączkowe. Wiele kobiet, jak wspomniano, nie odczuwa dolegliwości i nie zgłasza się do lekarza, a nie leczone zakażenie prowadzi do powikłań: zapalenia przydatków i niepłodności.

Zakażenie chlamydiami u ciężarnej może być przyczyną poronienia. Zakażenie dziecka w czasie porodu bywa przyczyną zapalenia płuc lub zapalenia oczu.